Depuis plusieurs années, il mène des recherches sur l’interprétation historique de la musique sacrée et du répertoire pour orgue des xixe et xxe  siècles qui l’ont conduit à donner des conférences et des master-classes en Europe et aux États-Unis. Ces investigations ont débouché sur plusieurs enregistrements pour le label Aeolus : intégrale de l’œuvre pour orgue et des motets de César Franck en deux volumes en collaboration avec Les solistes-de-Lyon-Bernard Tétu ; double album d’œuvres inédites pour orgue d’Edouard Batiste ; anthologie de musique sacrée de Théodore Dubois.

Afin de renouveler la forme des concerts d’orgue et de musique sacrée, il a organisé le Festival d’automne à Vandœuvres consacré à la musique de chambre avec orgue (depuis novembre 2002), des cycles de cultes choraux et de cultes cantates (depuis 2002), un spectacle mêlant danse contemporaine et orgue (Pasos-Passacaglia, 2008), des marathons d’orgue lors des Fêtes de la musique de Genève 2008 et 2010, un Festival de Psaumes dans le cadre de Calvin-09 (2009) ou encore les Nuits de Saint-Gervais qui mêlaient musique d’orgue et vidéo-projections (2009).